O objetivo de longo prazo ou de continuidade, foi de garantir que os ecossistemas dos sítios da Rede Natura 2000 da Ponta de São Lourenço (PTMAD0003) e das Ilhas Desertas (Deserta Grande e ilhéu Chão) (PTDES0001), atingissem um estatuto de conservação estável, favorável e autossustentável.

Estas áreas abrigam um elevado número de espécies endémicas e exclusivas das mesmas, muitas das quais listadas nos anexos das Diretivas Habitats e Aves. Este objetivo foi atingido através da criação de condições para a recuperação dos habitats e espécies presentes nestes, nomeadamente através da erradicação e controlo das espécies de vertebrados, invertebrados e plantas introduzidas ou de caráter invasor e estudo e minimização da pressão dos fatores erosivos sobre estes locais.

Os objetivos específicos passaram pela:
(i) criação de uma área livre de vertebrados introduzidos na Ponta de São Lourenço;
(ii) erradicação e/ou controlo das populações de espécies de vertebrados introduzidos;
(iii) redução significativa das populações de plantas invasoras;
(iv) controlo e estabilização das populações de gaivota-de-patas-amarelas;
(v) controlo das populações de formiga-argentina;
(vi) retirada da linha elétrica aérea existente na ZEC da Ponta de São Lourenço
(vii) implementação, no decurso do projeto, dos planos de medidas de conservação específicos para as espécies com estatuto de conservação mais preocupante (constantes nos anexos das diretivas comunitárias);
(viii) Promoção de um forte apoio do público em geral que suporte a conservação destes sítios da Rede Natura 2000, não só através da promoção e melhoria das condições de receção nestas áreas, mas também da divulgação  massificada de informação sobre as mesmas e
(ix) criação das comissões consultiva e científica.

A longo prazo, o projeto teve igualmente por objetivo estratégico a criação de um grupo de trabalho para acompanhamento futuro da gestão destas áreas.